她就这么怀抱着蒙烈的尸体飞掠了出去,来到了距洞穴约有里许左右的一处山丘下,随即只见她的双臂双手上弥漫起了森森的冰雾,转眼间蒙烈体外就结上了厚厚的一层寒冰。未来世界,人类文明高度发达,智能机器人大量涌现,已在日常生活中占据重要的位置,而且人类为了获得永恒的生命,也尝试将自己改造为机器人。同时,一列名为“银河铁道999号”的宇宙列车担负起连接地球和宇宙文明的使命,星系从此不再遥远。
少年星野铁郎(野沢雅子 配音)的母亲被嗜好杀戮的机械伯爵杀害,他肩负母亲的嘱托,决定前往安达罗星云改造身体,为此不惜在车站抢夺他人的银河铁道999号车票,不过也因此邂逅了容貌与母亲极其相像的梅蒂尔(池田昌子 配音)。凭借梅德尔的帮助,他终于踏上999号列车,继而展开一段充满未知的旅程……